少年三国志2的神兽秘境入口在主界面下方征战板块，角色等级达到60级并且完成对应主线任务之后，滑动征战页面找到岛屿样式的神兽秘境图标，点击即可进入秘境地图。没有完成解锁条件的账号，征战界面只会显示过关斩将、列传等常规副本，不会出现秘境入口，不少玩家找不到秘境，大多是等级未达标或是主线剧情没有推进到位，单纯升级等级不完成主线，依旧无法激活该玩法入口。
进入秘境之后，整体地图由多座独立岛屿构成，分别对应丛林秘境、旷野戈壁等不同关卡区域，一共二十层关卡，每一座岛屿都设置专属守关BOSS，只有击败当前岛屿的守将，才可以解锁下一片岛屿的全部内容。秘境包含仙人试炼与秘境挑战两大核心任务，仙人试炼分为玄、地、天三个难度，每日只能够接取完成其中一个任务，难度越高，获取的兽魂、兽灵丹奖励越多；秘境挑战需要击杀地图内的秘境迷失者小怪，消耗探宝值来获取奖励，探宝值耗尽之后依旧可以打怪完成任务，但不会再掉落额外道具。每日仅可挑战一次守关BOSS，如果闯关失败，当天就只能停留在当前岛屿完成日常任务，要等到次日再次尝试挑战。
秘境产出是平民玩家获取神兽以及养成材料的主要途径，通关对应层数可以直接领取成品神兽，前期1‑3层通关拿到紫品质巨猿，4‑6层解锁橙品质猞猁，往后继续推进还可以拿到红品质的机关鸟、机关牛等异兽，通关后的关卡支持重复扫荡，层数越高扫荡得到的兽魂数量越多。兽魂可以在神兽商店兑换神兽碎片、兽灵丹等养成物资，不要随意消耗在低价值道具上，优先兑换主力神兽碎片，加快神兽升星进度。秘境的闯关进度还会联动解锁神兽讨伐玩法，通关10层、15层、20层分别开放对应等级讨伐副本，没有达到秘境层数，就无法挑战高阶神兽讨伐，错过神兽装备、稀有碎片等资源。
实战闯关的时候，新区账号战力不足，不要盲目直接选择最高难度的仙人试炼，优先选择适配自身战力的任务，保证稳定完成拿到全部奖励。小怪战斗会消耗探宝值，探宝值属于当日固定资源，不会随时间自动恢复，需要规划好击杀顺序，避免探宝值提前耗尽，白白损失掉落收益。守关BOSS战斗难度偏高，上阵阵容尽量搭配控制武将打断BOSS爆发输出，同时保留足够的续航能力，提升通关成功率。已经解锁的岛屿能够自由来回切换，玩家可以回头扫荡旧关卡，补全缺少的碎片资源，不用反复重新从头推进。日常把秘境任务、扫荡次数全部清理完毕，日积月累就能拉开神兽养成的战力差距。
