核电站没有隐藏的核辐射掉血效果，真正的副作用来自成本、房间纵深和事故处理难度。它需要较多瓶盖，三联房升到二级、三级分别要6000和18000瓶盖；核电站在居民达到60人时解锁，但普通模式超过60人后，死亡爪就可能自然袭击，生存模式超过35人即可遭遇，因此刚解锁时不宜立刻扩建多间或连续升级。
核电站最大的实战缺点是房间纵深较长，居民从后排跑到前方需要更多时间。事故开始后，居民只有到达战斗位置才会真正造成伤害并承受战斗效果，入口第一间就摆核电站时，死亡爪往往已经推进一段距离，后排居民还没开始输出。建造顺序上，应先在入口附近放置较浅的电厂、餐厅或净水房，安排高生命值、强武器居民作为第一道防线，再把核电站放到第二道或更靠后的区域。
核电站并不会让火灾、蟑螂或鼹鼠天然变强，内部事故难度主要由居民平均等级、房间等级和房间宽度决定。三联、三级核电站一旦发生事故，通常比单格一级房间更难清理；房间越大、等级越高，事故持续时间和居民承伤压力越高。中期瓶盖不足时，保留一级或二级核电站、优先提高生产居民的力量和武器，比直接升满三级更稳；只有电力消耗明显超过产量、且已有足够战斗居民时，才适合进行三联升级。
核电站储电量高的另一面，是遇到辐射蝎时一次事故可能造成更大的绝对掉电。辐射蝎会在避难所房间间移动，并可能抽走最多约一半的全避难所电力；储能越高，按比例计算时损失的电量就越多，恢复所需时间也越长。居民达到51人后，辐射蝎可在普通和生存模式中出现，因此进入这一阶段后，应把核电站安排在有稳定驻员的位置，准备治疗针和高伤害武器，并避免让房间长期空置。
实际使用时，早期只需建一间一级核电站，先观察电力条是否能维持在安全线以上；中期优先安排力量高的居民生产，但不要把力量属性误当成战斗属性，避难所战斗主要看生命值、武器和宠物加成。发生事故时，立即把满编战斗居民拖入核电站，优先处理辐射蝎，再处理会扩散的火灾、蟑螂和鼹鼠；进入死亡爪阶段后，入口房间应承担第一轮输出，核电站更适合充当后方生产与储能设施。
